過度依賴膀胱鏡檢標準常會造成IC的不當診斷，尤其在膀胱過度癥的病人，常出現IC診斷不當的現象。在膀胱過度癥病患若對口服抗堿藥物反應不好時，應考慮IC的可能性。很多 IC的病患獲得診斷前，都曾被給予多次口服抗生素治療，病人的尿液培養通常為陰性，因此當病人出現癥狀且有膿尿出現時，我們建議此時尿液培即使為為陰性，但病人有膀胱炎癥狀，且對抗生素無反應時，IC應列為鑑別診斷(15)。 在慢性非細菌性前列腺炎病人施行麻醉下膀胱鏡檢查時約有70％會出現符合IC的病變。此種發現讓我們認為IC在男性常常會以慢性非細菌性前列腺炎或前列腺疼痛的型態出現。最近的分類，將第三型前列腺炎癥狀歸為慢性骨盆腔癥候群，顯示兩者可能為同一疾病。兩者在癥狀表現相當類似，包括刺激性癥狀，疼痛（骨盆腔、膀胱、前列腺、生殖器），性功能失調，合併有精神憂郁及焦慮現象。在一開放性實驗中，ELMIRON（某種治療IC的藥物），可減低男性骨盆腔疼痛癥候群患者頻尿、疼痛的嚴重度及改善生活品質（16），更可說明骨盆腔疼痛癥候群和IC的關連性。